진도 9의 엄청난 지진으로 인해 일본 문화재에도 상당한 피해가 가해진것으로 전한다. 일본 문화청이 12일 오후6시 현재 집계한 자료에 따르면 이바라키시에 있던 오카쿠라 덴신(岡倉天心) 관련 등록유형문화재인 「이바라키대학 고우라(五浦)미술연구소 육각당(六角堂)」이 쓰나미에 의해 소실되는 등 9개 도현에서 21건의 문화재가 피해를 입은 것으로 확인됐다.

육각당은 덴신이 이끌던 일본미술원이 기타이바라키로 거점을 옮기면서 1905년 덴신 스스로 설계해 거처하던 곳이다. 요미우리 신문에 따르면 이외에 센다이시 중요문화재인 「도조구(東照宮)」에는 문과 도리의 기초가 뒤틀렸고 이바라키현 히타치오타시(常陸太田市)의 사적 「미도 도쿠카와집안 묘소」에서는 묘비가 쓰러지는 등의 피해가 있었다.